Hướng dẫn bản thảo
Tải về: Word · PDF · Quay lại trang bài tập lớn
Nền tảng Nghiên cứu Lâm sàng · Cấp độ 1: Từ câu hỏi lâm sàng đến công bố
Tổ chức: Neudata (#ClearDataClearImpact) Hình thức đánh giá: bài tập cá nhân. Cả lớp cùng đọc kết quả ở Buổi 5 và 6, giảng viên làm mẫu phần viết trực tiếp ở Buổi 7 và 8 và bạn viết ở nhà, bình duyệt chéo trong 2 tuần sau Buổi 8. Ai làm: mỗi học viên viết bản thảo của riêng mình. Bạn chọn một trong năm câu hỏi FLUID-ICU (Q1 đến Q5). Không làm theo nhóm. Chúng tôi cung cấp: kết quả. Mỗi câu hỏi có một gói kết quả phân tích với đầy đủ bảng, hình và số liệu bạn cần. Bạn không phân tích dữ liệu: bạn viết bài báo. Sản phẩm: một bài báo nghiên cứu gốc theo hướng dẫn STROBE, dài khoảng 2,000 từ, một bản bình duyệt bản thảo của một bạn cùng lớp, và một thư phản hồi ý kiến phản biện Chấm theo: manuscript_rubric_VN.md (mang tính hình thành); bình duyệt theo peer_review_instructions_VN.md
1. Mục đích
Trong đề cương, bạn lập kế hoạch cho một nghiên cứu chưa được thực hiện. Trong bài tập này, bạn làm nửa còn lại của hành trình nghiên cứu: bạn lấy kết quả của một nghiên cứu đã được thực hiện và biến chúng thành một bài báo mà tạp chí có thể xem xét. Bạn sẽ thực hành mọi thứ từ Buổi 5 đến Buổi 8: đọc Bảng 1 và kết quả hồi quy, viết phần Phương pháp và Kết quả, dùng ngôn ngữ chừng mực trong phần Bàn luận, viết tóm tắt và tên bài, dùng bảng kiểm báo cáo, bình duyệt và phản hồi ý kiến phản biện.
Không ai cần chạy phần mềm. Giảng viên chạy phân tích trực tiếp bằng R ở Buổi 5 và 6, và mỗi câu hỏi có một gói kết quả phân tích với đầy đủ số liệu, bảng và hình bạn cần. Học viên đã hoàn thành khóa học miễn phí của Neudata Clinical Data Analysis in R có thể tự chạy lại phân tích bằng các script trong Course/Data/, nhưng việc này không bắt buộc.
Quan trọng: dữ liệu mô phỏng. FLUID-ICU là bộ dữ liệu mô phỏng dùng cho đào tạo. Bản thảo của bạn là một bài tập đào tạo. Hãy nêu rõ điều này trong phần Phương pháp và ở trang tên bài (“Bản thảo này sử dụng dữ liệu mô phỏng tạo ra cho mục đích đào tạo; không báo cáo người bệnh thật nào”), và không bao giờ nộp bản thảo cho tạp chí hoặc trình bày như một nghiên cứu thật.
2. Bộ dữ liệu của khóa học: FLUID-ICU
Một nghiên cứu thuần tập tiến cứu đa trung tâm mô phỏng trên khoảng 600 người lớn bị nhiễm khuẩn huyết nhập 4 ICU. Bộ dữ liệu gồm thông tin nhân khẩu học, bệnh kèm theo (đái tháo đường, bệnh thận mạn, suy tim, tăng huyết áp), ổ nhiễm khuẩn, mức độ nặng (SOFA, APACHE II), lactat, huyết áp động mạch trung bình, thuốc vận mạch, thở máy, lượng dịch vào và ra hằng ngày ở ngày 1 đến 3, cân nặng, cân bằng dịch tích lũy ở ngày 3 (ml/kg) và cân bằng dịch dương (có/không), tổn thương thận cấp (KDIGO), điều trị thay thế thận, số ngày không thở máy, thời gian nằm ICU và tử vong 28 ngày kèm thời gian đến khi tử vong hoặc bị kiểm duyệt.
Những gì bạn sẽ tìm thấy trong Course/Data/ (trong thư mục khóa học trực tuyến): dữ liệu thô và dữ liệu sạch, từ điển dữ liệu, nhật ký làm sạch dữ liệu, kế hoạch phân tích thống kê (viết trước khi phân tích), các script R, và mỗi câu hỏi một gói kết quả phân tích.
3. Năm câu hỏi: chọn một
Năm câu hỏi được giới thiệu ở Buổi 5. Trên lớp, giảng viên cùng cả lớp làm lần lượt các câu hỏi: Q1 đầy đủ, Q2 đến Q5 dưới dạng ví dụ ngắn hơn. Đến cuối Buổi 6, hãy chọn một câu hỏi cho bản thảo của bạn và báo cho trưởng khóa học (qua email hoặc biểu mẫu chia sẻ trong khung chat). Mỗi câu hỏi có thể được bao nhiêu học viên chọn cũng được. Q1 được làm đầy đủ trên lớp nên dễ bắt đầu nhất; Q2 đến Q5 khó hơn một chút.
| Q | Câu hỏi nghiên cứu | Phơi nhiễm | Kết cục | Phân tích chính trong gói kết quả |
|---|---|---|---|---|
| Q1 | Cân bằng dịch dương đến ngày 3 có liên quan với tử vong 28 ngày cao hơn không? (câu hỏi chính) | Cân bằng dịch tích lũy dương đến ngày 3 (có/không) | Tử vong 28 ngày | Hồi quy logistic thô và đã hiệu chỉnh (OR); đường cong Kaplan-Meier và mô hình Cox (HR) |
| Q2 | Cân bằng dịch tích lũy có liên quan với tổn thương thận cấp không? | Cân bằng dịch tích lũy ở ngày 3 (ml/kg) | Tổn thương thận cấp (KDIGO) | Hồi quy logistic thô và đã hiệu chỉnh |
| Q3 | Cân bằng dịch tích lũy có liên quan với số ngày không thở máy ít hơn không? | Cân bằng dịch tích lũy ở ngày 3 (ml/kg) | Số ngày không thở máy đến ngày 28 | Hồi quy tuyến tính và một phép so sánh phi tham số |
| Q4 | Lactat ban đầu có liên quan với tử vong 28 ngày không, và câu trả lời có thay đổi theo cách xử lý lactat bị thiếu không? | Lactat ban đầu (mmol/l) | Tử vong 28 ngày | Hồi quy logistic; phân tích các trường hợp đầy đủ so với quy gán đa bội |
| Q5 | Ở người sống sót, cân bằng dịch có liên quan với thời gian nằm ICU dài hơn không? | Cân bằng dịch tích lũy ở ngày 3 (ml/kg) | Thời gian nằm ICU ở người sống sót | Trung vị (IQR); hồi quy tuyến tính trên thang logarit hoặc kiểm định phi tham số |
Gói kết quả của bạn là Course/Data/results_packs/QN/results_pack_QN.md, trong đó N là số thứ tự câu hỏi của bạn (ví dụ results_packs/Q4/results_pack_Q4.md). Mỗi gói kết quả gồm Bảng 1, các hình, bảng hồi quy và ghi chú bằng ngôn ngữ đơn giản. Chỉ dùng số liệu trong gói kết quả của bạn. Nếu thiếu thông tin cần thiết, hãy hỏi giảng viên thay vì tự ước tính.
4. Viết gì, và khi nào
Dùng mẫu Word Course/Templates/Manuscript_Template_IMRaD_VN.docx (bản tiếng Anh: Manuscript_Template_IMRaD.docx) và theo bảng kiểm STROBE cho nghiên cứu thuần tập.
| Bước | Khi nào | Bạn làm gì | Sản phẩm |
|---|---|---|---|
| 1. Hiểu dữ liệu | Buổi 5 (5.2, 5.4) | Cùng cả lớp: đọc từ điển dữ liệu, nhật ký làm sạch, Bảng 1 và các hình trong gói kết quả Q1 | Ghi chú: ai có trong nghiên cứu thuần tập, các biến được định nghĩa thế nào, những gì đã được làm sạch |
| 2. Diễn giải kết quả và chọn câu hỏi | Buổi 6 (6.2, 6.4), sau đó làm ở nhà | Cùng cả lớp: đọc các phép so sánh, kết quả hồi quy và Kaplan-Meier/Cox, ước lượng thô so với đã hiệu chỉnh và phân tích độ nhạy về dữ liệu thiếu. Sau buổi học: chọn câu hỏi và đọc gói kết quả của câu hỏi đó | Danh sách “số liệu chính” cho câu hỏi của bạn: tác động chính kèm KTC 95%, cộng 3 đến 5 kết quả hỗ trợ |
| 3. Phương pháp + Kết quả | Buổi 7 (hội thảo viết bản thảo 1: giảng viên viết nháp Q1 trực tiếp cùng cả lớp), sau đó làm ở nhà | Viết nháp phần Phương pháp (thiết kế, bối cảnh, người tham gia, biến số, nguồn dữ liệu, sai lệch, phương pháp thống kê kể cả dữ liệu thiếu) và phần Kết quả (người tham gia trước, sau đó kết quả mô tả, phân tích chính và các phân tích khác) cho câu hỏi của bạn | Bản nháp đầu khoảng 600 từ (độ dài cuối cùng: Phương pháp khoảng 550, Kết quả khoảng 450; xem bảng dưới) + Bảng 1 + một bảng hoặc hình khác |
| 4. Đặt vấn đề, Bàn luận, Tóm tắt, Tên bài | Buổi 8 (hội thảo viết bản thảo 2: làm mẫu trực tiếp trên Q1), sau đó làm ở nhà | Viết phần Đặt vấn đề (hình phễu), phần Bàn luận (sáu bước, ngôn ngữ chừng mực), tóm tắt có cấu trúc và tên bài | Bản nháp hoàn chỉnh |
| 5. Hoàn thiện và nộp | Trước 23:59 ngày học Buổi 8 | Điền bảng kiểm STROBE kèm số trang, kiểm tra số liệu, thêm câu công khai sử dụng AI, nộp bài | Bản thảo nháp |
| 6. Bình duyệt | Trong vòng 1 tuần sau Buổi 8 | Bình duyệt bản thảo của một bạn cùng lớp do giảng viên gửi cho bạn (peer_review_instructions_VN.md) |
Bản nhận xét bình duyệt |
| 7. Phản hồi và chỉnh sửa | Trong vòng 2 tuần sau Buổi 8 | Trả lời từng ý trong bản bình duyệt bạn nhận được và sửa bản thảo | Thư phản hồi + bản thảo đã sửa |
Độ dài và định dạng
| Phần | Mục tiêu | Ghi chú |
|---|---|---|
| Trang tên bài | Không giới hạn | Tên bài, tên bạn là tác giả, tuyên bố vai trò CRediT, số từ, câu nêu dữ liệu mô phỏng, lời cảm ơn khóa học |
| Tóm tắt có cấu trúc | Không quá 250 từ | Đặt vấn đề, Phương pháp, Kết quả (tác động chính kèm KTC 95%), Kết luận |
| Đặt vấn đề | khoảng 350 từ | Ba đoạn: điều đã biết, rồi điều chưa biết, rồi mục tiêu |
| Phương pháp | khoảng 550 từ | Mục 4 đến 12 của STROBE; gồm đoạn phân tích thống kê và cách xử lý dữ liệu thiếu |
| Kết quả | khoảng 450 từ | Người tham gia trước; số liệu kèm mẫu số và KTC 95%; không diễn giải |
| Bàn luận | khoảng 650 từ | Theo thứ tự: phát hiện chính, so sánh với y văn (kể cả Bài báo 2, Hyun 2023, trong Course/Papers/), các giải thích có thể, điểm mạnh và hạn chế, ý nghĩa, kết luận |
| Tổng phần chính | khoảng 2,000 từ | Từ Đặt vấn đề đến Bàn luận (cộng trừ 10%); không tính tóm tắt, bảng và tài liệu tham khảo |
| Bảng và hình | Bảng 1 + tối đa 2 bảng/hình khác | Mỗi bảng/hình phải tự đọc hiểu được (tên, đơn vị, n, giải thích chữ viết tắt) |
| Tài liệu tham khảo | 10 đến 20 | Kiểu Vancouver, quản lý bằng Zotero hoặc phần mềm quản lý tài liệu tham khảo khác |
| Bảng kiểm STROBE | Điền đầy đủ | Ghi số trang cho từng mục, hoặc “không áp dụng” |
5. Quyền tác giả và lời cảm ơn
Bạn là tác giả duy nhất của bản thảo. Dùng bản thảo để thực hành các ý về quyền tác giả ở Buổi 7 (tiêu chí ICMJE và vai trò CRediT):
- Tuyên bố CRediT: liệt kê vai trò của bạn và của những người đã tạo ra dữ liệu và phân tích, ví dụ “Lên ý tưởng, viết bản thảo (bản đầu tiên), viết bản thảo (rà soát và chỉnh sửa): [tên bạn]. Quản lý dữ liệu, phân tích: giảng viên khóa học.”
- Lời cảm ơn: giảng viên khóa học đã tạo bộ dữ liệu và chạy phân tích. Họ được cảm ơn, không được ghi là tác giả, ví dụ “Bộ dữ liệu mô phỏng FLUID-ICU và phân tích do khóa học Foundations of Clinical Research, Level 1 của Neudata cung cấp. Chúng tôi cảm ơn [tên bạn cùng lớp đã bình duyệt bản nháp] đã bình duyệt.”
Bạn có thể trao đổi kết quả với bạn cùng lớp, nhưng văn bản phải là của chính bạn.
6. Quy định
- Số liệu: chỉ báo cáo số liệu trong gói kết quả của bạn (hoặc từ lần bạn tự chạy lại bằng script của khóa học, nếu có, và ghi rõ điều đó). Không bao giờ làm tròn theo cách làm thay đổi ý nghĩa. Mỗi ước lượng chính phải kèm KTC 95%.
- Ngôn ngữ: FLUID-ICU là nghiên cứu quan sát. Viết “có liên quan với”, không viết “gây ra” hay “dẫn đến”. Không viết “có xu hướng có ý nghĩa”.
- Dữ liệu thiếu: nêu thiếu bao nhiêu và được xử lý thế nào, như trong gói kết quả của bạn.
- Tính nguyên bản: viết bằng lời của bạn và trích dẫn mọi nguồn. Hạn chế trích nguyên văn và luôn dùng dấu ngoặc kép khi trích. Hai học viên chọn cùng một câu hỏi sẽ có cùng số liệu, nhưng văn bản phải là của riêng mỗi người.
- Câu công khai sử dụng AI (bắt buộc): ở cuối bản thảo, thêm một trong các câu sau:
- “Sử dụng AI: không.”
- “Sử dụng AI: [tên công cụ] được dùng để [cải thiện tiếng Anh / dịch bản nháp / gợi ý cách diễn đạt]. Tác giả đã kiểm tra từng câu và từng tài liệu tham khảo và chịu hoàn toàn trách nhiệm về nội dung.”
7. Nộp bài và tên tệp
Gửi tất cả cho trưởng khóa học qua email (hoặc tải lên thư mục khóa học trực tuyến):
| Tệp | Hạn nộp |
|---|---|
Surname_Manuscript_QN_draft.docx (bản nháp + bảng kiểm STROBE đã điền làm phụ lục) |
23:59 ngày học Buổi 8 |
Surname_Review_of_[author's surname].docx (bản nhận xét bình duyệt) |
1 tuần sau Buổi 8 |
Surname_Manuscript_QN_revised.docx (có theo dõi thay đổi) và Surname_Response_to_Reviewers.docx (dùng Course/Templates/Response_to_Reviewers_Template_VN.docx) |
2 tuần sau Buổi 8 |
Trong vòng 2 ngày sau Buổi 8, trưởng khóa học gửi cho mỗi học viên bản nháp của một bạn cùng lớp để bình duyệt, qua email hoặc qua thư mục khóa học. Mỗi học viên bình duyệt một bản nháp và nhận một bản bình duyệt. Khi có thể, giảng viên ghép các bản nháp khác câu hỏi với câu hỏi của bạn, để bạn đọc kỹ thêm một câu hỏi nữa.
8. Nhận xét
- Nhận xét cho bản thảo đến từ bạn cùng lớp bình duyệt bản nháp của bạn (
peer_review_instructions_VN.md) và từ giảng viên. - Giảng viên chấm bản thảo đã sửa và thư phản hồi theo
manuscript_rubric_VN.mdvà gửi lại nhận xét viết trong khoảng 3 tuần. Nếu bạn không gửi bản sửa, bản nháp sẽ được chấm. - Điểm mang tính hình thành.